Na haar klinische opleiding tot kinderarts-kinderneuroloog, werkte drs Judith Verhoeven via een FWO fellowship beurs (Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek Vlaanderen) tussen 2007-1012 op het departement Radiologie en het departement kindergeneeskunde te UZ Leuven aan een PhD traject getiteld: “Neuro-anatomische en Functionele substraten bij Autisme Spectrum Stoornis”. Tijdens dit project kon, aan de hand van niet-invasieve MRI-technieken zoals diffusie tensor imaging (DTI) en functionele magnetische resonantie beeldvorming (fMRI), autisme beter worden gedefinieerd als probleem in de hersenconnectiviteit.
Sedert 2012 werkt Judith Verhoeven in Kempenhaeghe, Academische Centrum voor Epileptologie (ACE), en draagt ze bij aan het leveren van expertise zorg voor kinderen met refractaire epilepsie of epileptische encephalopathie. Ze is lid van de geneesmiddelengroep gecoordineerd door professor dr H.J.M. Majaoi en was betrokken bij meerdere geneesmiddel fase III trials in de behandeling van Dravet syndroom en Lennox Gastaut syndroom. In 2013 werd de onderzoeksgroep (GenACE) opgericht, tesamen met een epilepsie-genetica polikliniek. De onderzoeksgroep bestaat momenteel uit artsen en onderzoekers vanuit het departement klinische genetica Radboud UMC en Maastricht UMC, departement (kinder)neurologie ACE. Gedurende deze jaren werden verschillende papers gepubliceerd betreffende nieuwe genen en de diagnostische opbrengst van next generation sequencing. In 2018 kreeg de onderzoeksgroep financiering voor 2 Phd-studenten via het “Nederlands Epilepsie Fonds” (NEF) en ZonMw. Het project draagt de naam “Van ‘gissen en missen’ naar een patiëntgerichte behandeling voor genetisch bepaalde, refractaire epilepsieën: de inzet van de pluripotente stamcel techniek”.